innerhtml

Ответ от Алекс Красс[гуру]
Вот и узнай, что работает быстрее в твоем конкретном примере. Бери класс Date и проверяй время выполнения.
А вообще эти вещи совершенно для разных целей. Метод nodeValue нужен для работы с текстовым содержанием текстового узла. Соответственно у других не текстовых узлов этого метода нет.
innerHTML больше для работы с самим DOM деревом, для изменения тегов, обращению к не текстовым узлам и прочего.
Насчет innerHTML вот из справочника копипаст:
innerHTML - предназначено для обращения к текстовой версии HTML-содержимого DOM-элемента и работе с ним. Если вы работаете только с HTML-документом (который не имеет отношения к XML), этот метод может быть очень полезным, поскольку код, который нужен для генерации нового DOM-элемента, может быть существенно сокращен (если не считать, что это более быстрая альтернатива традиционным DOM-методам) . Хотя это свойство не входит ни в один W3C-стандарт, оно все же существует во всех современных браузерах.