корень в слове стоял

Ответ от Ирина Робертовна Махракова[гуру]
Корень в этих словах – СТОЙ.
Глагол СТОЙ употреблён в повелительном наклонении, основа в нём равна корню, а за основой – нулевое окончание (во множественном числе этого наклонения окончание – -ТЕ: стойте).
Глагол СТОЯТЬ – в начальной форме. Его основа – СТОЯ-. В основу входит корень СТОЙ и суффикс -А-. Чтобы это понять, надо вспомнить фонетику: буква Я обозначает 2 звука [Й’] и [А]. Первый из этих звуков в данном глаголе заканчивает корень, второй является окончанием.
При морфемном разборе слов довольно часто приходится учитывать фонетический особенности слова.