альфа спираль

Ответ от ххх[гуру]
пептидные группы аминокислот могут образовывать водородные связи и с водой, но если пептидная группа одной АК образует водородную связь с пептидной группой другой АК, то высвобождается вода. В следствие имеем энтропийный выигрыш : чем больше свободных молекул, тем большим количеством способов их можно расставить ( а любая система стремится к повышению энтропии)
вторая часть ответа : почему именно через 4 АК образуется связь
Потому, что из-за размера и формы радикала углы Фи и Пси могут иметь позволительные и непозволительные значения. Это можно посмотреть в таблице Рамачандрана. в результате того, что в физиологических условиях эти углы имеют небольшой вариант значений, образуется именно такая спираль типа 4 13 (количество атомов карбона на виток)
Есть АК, углы у которых не позволяют им свернуться в спираль. Для них белее характерно образование В-слоев. Это еще один вариант вторичной структуры. Для него характерно наличие АК с большими гидрофобными радикалами, например ФЕН, ТРИ
Для альфа спирали более характерны АК с маленькими радикалами
ПРО и ГЛИ характерны для участков с неупорядоченной вторичной структурой- В-петель, перемычек и т. д.
Потому что для глицина энергетически невыгодна упорядоченная структура, а пролин- вообще иминокислота, у него нет донора водородной связи.
Я это к тому, что вторичная структура белка- это не только альфа спираль, но и В слои, и неупорядоченные петли. О них часто забывают, но они имеют важное значение для формирования третичной структуры